欢迎来访Www.Ggene.Cn,基因时代为生命科学提供源动力!

网站地图帮助中心

二级
导航

简易TCGA下载工具使用教程

来源:生信人 作者:编辑 人气: 发布时间:2017-07-03
摘要:第一步,在左侧癌症列表中双击选择所需下载的癌症类型 第二步,选择需要下载的样本类型,默认选择原发癌和癌旁正常组织,根据需要单击选择所需样本类型,当所有样本类型均不选则下载所有的样本类型 第三步,单击 重新检索 按钮检索可下载资源列表 第四步,根

第一步,在左侧癌症列表中双击选择所需下载的癌症类型attachments-2017-03-kIUJKDUg58da4b82e14a第二步,选择需要下载的样本类型,默认选择原发癌和癌旁正常组织,根据需要单击选择所需样本类型,当所有样本类型均不选则下载所有的样本类型

attachments-2017-03-prmJKpyJ58da4bee4fad

第三步,单击重新检索按钮检索可下载资源列表

attachments-2017-03-cJb9nQE658da4c2bc84e

第四步,根据检索的下载资源列表,单击选择所需下载的数据类型

attachments-2017-03-S6LCS7az58da4c4b58e7

第五步,单击选择,选择数据保存路径,单击确定就可以开始数据的下载任务

attachments-2017-03-KnSPakaN58da4c660ffa

第六步,如下载的数据类型是Clinical,则可以通过Clinical解析按钮将临床xml文件转换成Clinical_matrix.txt文件

attachments-2017-03-ryXcTy5V58da4c8c9511

attachments-2017-03-DhoT94k158da4cabee98

attachments-2017-03-Ek6mt3wB58da4cb79384

单击Clinical解析按钮:

attachments-2017-03-GrNh7V9x58da4d130df0

attachments-2017-03-X22PKoCf58da4d311bff

Clinical解析生成数据Clinical_matrix.txt展示:

attachments-2017-03-iafW6LtD58da4d52b121

如下载的是数据类型是RNA-seqmethyarraymiRNA,则可以通过合并文件按钮将单个文件合并生成矩阵,对于RNA-seq数据,可以通过ENSG_ID转换按钮将默认是ENSG_ID转换为geneSymbol

attachments-2017-03-om4din9h58da4d7000da

attachments-2017-03-UAUQFFqd58da4d9e1429

合并文件生成数据Merge_matrix.txt展示:

attachments-2017-03-AOYSJD9f58da4dca247e

单击ENSG_ID转换按钮:

attachments-2017-03-sr8jRwKE58da4df48048

attachments-2017-03-49UYTVQD58da4e16d145

attachments-2017-03-eF7aev2158da4e282795

ENSG_ID转换生成数据Merge_matrix.txt.cv.txt展示:

attachments-2017-03-4v1JkguA58da4e46599b

作者:编辑

上一篇: PCR引物设计,3款在线软件全搞定!

下一篇:没有了

最火资讯

Copyright 2008-2015 Powered By Ggene.Cn.
鄂ICP备15005758号-1

声明:本网站尊重并保护知识产权,根据《信息网络传播权保护条例》,如果我们转载或引用的作品侵犯了您的权利,请通知我们,我们会及时删除!