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PCR引物设计,3款在线软件全搞定!

来源:解螺旋·医生科研助手 作者:编辑 人气: 发布时间:2017-04-27
摘要:导语 好的引物会让PCR实验成功一半,因而,引物设计一直都是PCR非常重要的环节。PrimerPremier5和Oligo7这两款软件想必是备受科研汪们推崇的引物设计软件。可是对于懒癌晚期的小鱼而言,下载这两款软件也是一件非常麻烦的事情。有木有比这两款软件更简单粗暴

·导语·

好的引物会让PCR实验成功一半,因而,引物设计一直都是PCR非常重要的环节。PrimerPremier5和Oligo7这两款软件想必是备受科研汪们推崇的引物设计软件。可是对于懒癌晚期的小鱼而言,下载这两款软件也是一件非常麻烦的事情。有木有比这两款软件更简单粗暴的引物获取方法呢?在这里小鱼特地给大家推荐3款简单实用的在线PCR引物设计软件,让你分分钟搞定PCR引物。

No.1 :NCBI的Primer-Blast

推荐指数:五颗星

理由:这个工具整合了目前流行的Primer3软件,且加上NCBI的Blast进行引物特异性的验证;可以针对某一特定剪接变异体基因来设计引物。

网址链接:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/或者直接从Blast主页(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)上找到。

Primer-Blast的界面包括4个部分:PCRTemplate(模板区),Primer Parameters(引物区),Exon/intron Selection(外显子内含子设置)和specificity check(特异性验证区)。

1、设计引物

2、验证引物好坏

3、外显子内含子(Exon/intron)

如果设计的引物是跨内含子和外显子的交界处,可在此处设置成为Primer must span an exon-exon junction。外显子的匹配碱基数和内含子的长度等设置一般选择默认。

4、特异性(Specificitycheck)

在specificity check区,选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。这一步是比较重要的。

这里提供了7种数据库:

RefSeq mRNA,Genome (referenceassemblies from selected organisms),RefSeqrepresentative genomes,RefSeq RNA(refseq_rna),nr (the standard non-redundant database),Genome (chromosomesfrom all organisms)和custom。

前两个数据库是经过专家注释的数据,这样可以给出更准确的结果。特别是,当你用NCBI的参考序列作为模板和参考序列数据库作为标准来设计引物时,Primer-BLAST可以设计出只扩增某一特定剪接变异体基因的特异引物。

最后建议用oligo6或primer5验证引物自身的特性:发夹结构、引物自身二聚体、错配和引物间二聚体,△G的绝对值。

No.2 :Primer3 Plus

推荐指数:

五颗星

作者:编辑

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