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应用UCSC/Ensembl查找基因启动子(promoter)、内含子、外显子序列

来源:Easylabs 作者:无城 人气: 发布时间:2009-11-20
摘要:启动子的甲基化,转录因子与启动子的结合调控基因的表达等研究领域一直较为热门。本文图文形式讲解了启动子的概念,利用UCSC如何查找一个基因的启动子序列,以及外显子和内含子序列的显示。有很多关于此方面的文章由于写作在早期,近年来查询数据库网站的改

启动子的甲基化,转录因子与启动子的结合调控基因的表达等研究领域一直较为热门。本文图文形式讲解了启动子的概念,利用UCSC如何查找一个基因的启动子序列,以及外显子和内含子序列的显示。有很多关于此方面的文章由于写作在早期,近年来查询数据库网站的改版使得这些文章有些落伍,使用起来也不方便。本文是最新的关于查询启动子方法的文章,创作于2009/10/14,大家可以完全按此操作。

 

在讲述某个基因的启动子查询之间,我们有必要对基础知识进行一下复习和总结。先看一下中心法则:

 

 

启动子是在DNA转录为RNA这一步过程中发挥作用的,在此要与DNA自身复制起始点(称作复制子)和由mRNA翻译为蛋白质时的翻译起始点(以起始密码子ATG为标志)区别开来。

 

 

 

定义:启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录,调控区域能够对不同的环境条件作出应答,对基因的表达水平做出相应的调节。

启动子是RNA聚合酶特异性识别和结合的部位。启动子方向性,位于转录起始点上游,本身并不被转录。DNA链上与RNA链的第一个核苷酸对应的碱基标记为+1(如下图),由此碱基向上游(5’端)数的碱基顺序数为负(-1-2,……),向下游(3’端)数的碱基为正(+2+3,……)

 

作者:无城

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